GC版「風のタクト」の冒険を終えたリンクは、 新たな土地を目指し、テトラ達と大海原へ旅立ちました。
そして数ヵ月後、怪しい幽霊船を発見したテトラは、単身で乗り込むことに。 しかし、トラブルが発生してテトラは船でさらわれてしまいました。
テトラを助けようとしたリンクは海に落ちて気を失ってしまいます。 気が付いたとき、彼は見知らぬ島に到着していました。